מאגדת את 24 הרשויות המקומיות האזוריות ביש"ע, ונחשבת לארגון החוץ-פרלמנטרי הגדול ביותר בחברה הישראלית כיום. פועלת לביסוס היישובים והמאחזים, מתוך הכרה שמפעל ההתיישבות מהווה חלק מרכזי בהגשמת הציונות. במשך שלושת העשורים האחרונים הובילה מועצת יש"ע מאבקים רבים במדיניות הבריחה והנסיגה, הגירוש והעקירה. ריכזה את המאבק הציבורי הגדול ביותר בתולדות המדינה, המאבק בתוכנית ההתנתקות, והייתה הציר הארגוני והרעיוני מאחורי המחנה הכתום.המועצה פעילה למניעת פגיעה נוספת בשלמות הארץ באמצעות פעילות פוליטית, פרלמנטרית, משפטית והסברתית.